У разі виникнення надзвичайної ситуації, за розпорядженням територіального центру екстренної медичної допомоги здійснюється санітарно-епідемічне обстеження території і виявлення інфекційних хворих.

За вказівкою Державної надзвичайної протиепідемічної комісії в осередок катастрофи направляють спеціалізовані пересувні медичні формування із складу санітарно-епідеміологічної служби,а саме:

1.Група епідемічної розвідки (ГЕР), до складу якої включають лікаря-епідеміолога (старший групи), фельдшера (помічника санітарного лікаря), водія-санітара. При необхідності, до складу ГЕР можуть включати таких фахівців, як гігієніст, токсиколог, паразитолог, зоолог та інші.

Основним завданням ГЕР є з’ясування епідемічної обстановки в зоні надзвичайної ситуації шляхом огляду місцевості, опитування населення і медичних працівників лікувально-профілактичних закладів, а також відбір проб ґрунту, повітря, води, продуктів харчування, позначення заражених ділянок місцевості та об’єктів тощо.

Особовий склад ГЕР оснащений індивідуальними засобами захисту органів дихання, шкіри, має укладки для відбору проб ґрунту, води, харчових продуктів, матеріалу хворих і загиблих людей, тварин, засоби зв’язку, автотранспорт. ГЕР протягом 12 годин повинна здійснити санітарно-епідемічне обстеження території площею 25-30 км² і відібрати 8-12 проб, які направляють у СЕС (СЕЗ) для аналізу.

2. Рухомий протиепідемічний загін (РПЕЗ). Призначений для проведення комплексу санітарно-протиепідемічних заходів у осередку бактеріального зараження.

Завдання загону:

-       організація і проведення санітарно-епідемічної розвідки;

-       організація і проведення санітарно-протиепідемічних заходів у осередку надзвичайної ситуації та бактеріального зараження;

-       санітарна експертиза води та продовольства;

-       організація і проведення екстренної неспецифічної і спеціфічної профілактики;

-       проведення дезінфекції, дезінсекції, деритизації та повної санітарної обробки населення.

До складу загону входять 3 підрозділи:

-         санітарно-протиепідемічний;

-         дезінфекційний;

-         лабораторний.

На основі отриманої інформації робиться попередній аналіз і розробляються пропозиції щодо санітарно-протиепідемічного захисту населення. Результатом аналізу є санітарно-гігієнічний і епідемічний прогноз, на якому базується прийняття управлінських рішень.

Основні дані, необхідні для розробки прогнозу:

-       інфекційна захворюваність, її структура, рівень та динаміка серед населення;

-       наявність природно-вогнищевих захворювань;

-       сезон року;

-       імунна захищеність населення;

-       наявність, стан і спроможність санітарно-епідеміологічних закладів;

-       наявність умов для дотримання населенням санітарно-гігієнічних норм і правил при організації харчування, водопостачання, комунального обслуговування;

Після оцінки санітарно-епідемічної обстановки робиться прогноз:

-       можливих санітарних втрат від інфекційних хвороб;

-       потреби у силах і засобах для проведення екстреної профілактики у осередку катастрофи;

-       потреби у ліжковому фонді.

В системі протиепідемічних заходів велике значення приділяють знезараженню осередку інфекційних хвороб. В епідемічних осередках дезінфекція проводиться працівниками СЕС, дезінфекція квартир – самим населенням, а об’єкти, що забезпечують життєдіяльність і виробничі потреби населення, знезаражує комунально-технічна служба та служба протирадіаційного і протихімічного захисту.

Для забезпечення ефективності вищезазанечених заходів необхідні попередня плавномірна підготовка особового складу, який буде залучатися до роботи, накопичення засобів знезараження і координація дій між відповідними службами.

За результатами проведення епідемічної розвідки і проведення лабораторних досліджень складають висновок щодо придатності до використання населенням питної води і харчових продуктів та визначають санітарно-епідемічний стан осередку надзвичайної ситуації, який може бути:

сприятливий – серед населення інфекційна захворюваність відсутня або мають місце поодинокі випадки, що не пов’язані між собою;

нестійкий – виявляються поодинокі випадки інфекційних захворювань, раніше не зареєстрованих в даній місцевості або виникають групові інфекційні захворювання без подальшого розповсюдження;

несприятливий – виникають групові інфекційні захворювання з тенденцією до подальшого поширення або реєструються поодинокі випадки особливо небезпечних інфекцій;

надзвичайний – серед населення виникає епідемія або реєструються  групові захворювання на особливо небезпечні інфекції, пов’язані між собою.